حوزه های علمیه شیعیان ، همواره کانون تعلیم و تربیت فرزانگانی بوده است که رسالت پاسداری از معارف اسلامی و انتشار آن را در طول اعصار و قرون بر عهده داشته اند. دانشورزانی که با سلاح علم ، بیان وبنان ، قلم و کلام به ابلاغ دین و احیا و اصلاح جوامع انسانی همت گماردند و واسطه فیض دریافت پیام خدا و کسب معرفت و بصیرت گردیدند.
این رسالت خطیر در ادوارگوناگون استمرار یافته وهم اینک نیز ، حوزه علمیه خواهران با پشتکار و استقامت مثال زدنی ،در مسیرفهم و تبلیغ و تحقّق دین و دفاع از ارزشهای دینی و مبارزه با بدعتها در کنار حوزه های علمیه برادران قرار گرفته تا زمینه‌ساز ظهور حضرت مهدی (عج) شوند.
خیرخواه این پاسبانان و ناشران دین الهی و مکتب گرانسنگ اهل بیت عصمت و طهارت خداوند تبارک وتعالی است چراکه :
اِذا أرادَ اللّهُ بِعَبدخَیراً فَقَّهَهُ فی الدّینِ
هرگاه خدا برای بندهای خیر بخواهد او را با دین خود عمیقاً آشنا می گرداند.
تحصیلات دینی بانوان در ایران اسلامی، تا پیش از دهه چهل قرن سیزدهم شمسی به صورت فردی صرفا به برخی از بانوان - که غالباً ازوابستگان علمای بزرگ اسلامی بودند- اختصاص داشت و پس از سال 1341 که نهضت حضرت امام خمینی رضوان الله تعالی علیه آغاز شد،حرکت ارزشمند تحصیل دینی بانوان در برخی از شهرهای کشور با عنوان مکتب مانند: مکتب توحید و مکتب علی علیه السلام در قم و مکتب نرجس سلام الله علیها در مشهد مقدس و... شروع شد.
پس از انقلاب شکوهمند اسلامی و حضور ارزشمند بانوان در عرصه های علمی و اجتماعی، اقبال بانوان متدین به تحصیلات حوزوی بصورت چشمگیری افزایش یافت. تا اینکه در سال 1363 به دستور حضرت امام(ره) جامعه الزهراء سلام الله علیها در شهر مقدس قم تأسیس شد و مکتب های مختلف خواهران این شهر در آن ادغام شدند و از آن زمان برنامه آموزشی و تربیتی بانوان شکل دیگری به خود گرفت و به سوی تکامل و پیشرفت گام نهاد.
در سال 1375حدود یکسال پس از سفر پر خیر وبرکت مقام معظم رهبری مدظلهالعالی به شهر مقدس قم و ارائه رهنمودهای سازنده به مسئولان حوزه در جهت ساماندهی و توسعه همهجانبه حوزههای علمیه، شورای عالی حوزه علمیه قم طی مصوبهای «مرکز مدیریت حوزههای علمیه خواهران» را به منظور ساماندهی وحمایت و پشتیبانی از مدارس علمیه خواهران کشور تأسیس شد.
